抓取窗口:2026-10-22 ~ 2026-10-28 共 30 篇 数据源状态:arxiv=ok(10); biorxiv=ok(10); pubmed=ok(10) 总结状态:ok(30); failed(0)

📚 目录#


arXiv q-bio#

1. Open-Source Framework for the Visualization, Quantification, and Analysis of 4D Flow and High-Dimensional Magnetic Resonance Images ↗#

作者:Andras Lasso, Julia Iacovella, Csaba Pinter, Kevin K. Whitehead, Sehdev Pressley, Danish Vaiyani 等
发表日期:2026-10-28
分类:q-bio.QM
Paper ID:arxiv:2610.38948

核心贡献#

开源磁共振流程整合高维流场导入和测量,在小型患者队列中与商业参考接近,支持可检查的后处理。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:高维影像处理与一致性评估
  • 关键库与工具:SlicerHeart、3D Slicer
  • 数据集:13 位先心病患者的 108 个配对区域
  • 开源情况:提供开源框架与处理库;摘要未附代码链接

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

开放流程将四维流测量纳入成熟影像生态


2. What to randomize matters: a controlled study of volume, axis and representation in low-data molecular generation ↗#

作者:Neerav Kaushal, Alisa Teige, Ajay MNV Penmatsa
发表日期:2026-10-28
分类:cs.LG, cs.CE, cs.CL, q-bio.BM, q-bio.QM
Paper ID:arxiv:2610.38835

核心贡献#

控制语料量和计算后,片段与原子顺序联合随机化的生成收益高于单独变化,也优于匹配的 SMILES 增强。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:SAFE 表征随机化消融
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:1000 个种子分子及匹配训练语料
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

分子增强效果取决于随机化了什么


3. A Differentiable, GPU-Accelerated Finite-Element Formulation in JAX for Large-Deformation Shells with Contact: Application to Patient-Specific Aortic Valve Simulation ↗#

作者:Mohsen Nakhaei, Alison M. Pouch, Matthew A. Jolley, Wensi Wu
发表日期:2026-10-27
分类:q-bio.QM, physics.comp-ph
Paper ID:arxiv:2610.38075

核心贡献#

可微矩阵自由求解器在分组件验证及三例瓣膜模型中完成大变形接触模拟,支持后续梯度逆问题研究。

技术栈#

  • 语言/框架:JAX
  • 模型/算法:自动微分、有限元与 Newton-Krylov
  • 关键库与工具:JAX、tatva
  • 数据集:解析基准及三例患者主动脉瓣模型
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:GPU 运行中位数约 15—25 分钟,具体型号未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

可微加速为复杂瓣膜前向模拟提供验证基础


4. Solitary movement style predicts collective foraging while whom to follow emerges only in company ↗#

作者:Hiroshi Higashi
发表日期:2026-10-27
分类:physics.soc-ph, cs.MA, q-bio.NC
Paper ID:arxiv:2610.37978

核心贡献#

独处行为可预测部分群体觅食及表现,但选择追随谁的稳定差异不能从同一个体的独处行为推断。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:低维个体表示与跨人群预测
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:三个人类集体觅食公开数据集
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

独处测量不能完整预测群体中的社会学习


5. Hierarchical connectivity sets the upper critical dimension of neural avalanches ↗#

作者:W. A. Zúñiga-Galindo
发表日期:2026-10-26
分类:cond-mat.dis-nn, q-bio.NC
Paper ID:arxiv:2610.36404

核心贡献#

层级连接理论及树上模拟显示临界维数由耦合衰减决定,慢衰减网络也可呈现平均场雪崩指数。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:层级场论与精确模拟
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:树状网络模拟
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

层级耦合改变神经雪崩的临界条件


6. p-Adic statistical field theory of fluctuation effects in hierarchical neural networks ↗#

作者:W. A. Zúñiga-Galindo
发表日期:2026-10-26
分类:cond-mat.dis-nn, math-ph, q-bio.NC
Paper ID:arxiv:2610.36400

核心贡献#

层级场论以非局部扩散刻画神经活动涨落,推导临界尺度与修正并获模拟支持,空间维数并非唯一决定因素。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:p-adic Buice-Cowan 理论与涨落分析
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:层级树网络模拟
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

层级场论连接神经网络结构与活动涨落


7. Intrinsic Goals for Autonomous Agents: Hierarchical Exploration Captures Future Volitional Action in Drosophila ↗#

作者:Declan Kutscher, Reece Keller, Alyn Kirsch, Felix Pei, Aran Nayebi
发表日期:2026-10-25
分类:q-bio.NC, cs.AI, cs.LG, cs.RO
Paper ID:arxiv:2610.34638

核心贡献#

果蝇记录与数字孪生评估显示,所比较内在动机算法中 DIAYN 较好同时匹配探索行为和未来动作表征。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:分层运动策略与内在动机学习
  • 关键库与工具:DIAYN
  • 数据集:果蝇全脑记录及虚拟运动实验
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

内在目标为自主探索提供可检验计算模型


8. Multitask Interactions in Recurrent Dynamics across 100 Cognitive Tasks ↗#

作者:Sílvia García-Hernández, Leema Hamid, Manuel Brenner
发表日期:2026-10-24
分类:cs.LG, cs.AI, q-bio.NC
Paper ID:arxiv:2610.33926

核心贡献#

百任务循环网络中,分层任务特征与非线性能力共同促进共享动力学,单任务可线性求解不保证联合可解。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:分层 Almost-Linear RNN 联合训练
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:100 项认知任务
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

多任务共享动力学需要区分迁移与干扰


9. Contact-Free Nuclear and Cytoplasmic Mechanophenotyping by Amplitude-Modulated Ultrasound and Phase-Locked Optical Diffraction Tomography: Computational Feasibility and Initial Experimental Readouts ↗#

作者:Yagmur Isik, Merve Sevgi, Esmahan Caglar, Aysenur Akgun, Hasan Berkay Abdioglu, Gokhan Bora Esmer 等
发表日期:2026-10-23
分类:physics.optics, q-bio.CB
Paper ID:arxiv:2610.33369

核心贡献#

模拟支持超声与相位锁定断层成像区分细胞核和胞质响应,五个细胞的初步测量尚不足以完成定量力学验证。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:粘弹有限元与光学重构
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:计算模型及五个细胞的初步读出
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

非接触细胞力学测量仍需独立定量验证


10. A Mathematical Theory of the Jacobian Lens ↗#

作者:Mitchell Ostrow, Daoyuan Qian, Toni Liu, Ila Fiete
发表日期:2026-10-22
分类:cs.LG, cs.AI, q-bio.NC
Paper ID:arxiv:2610.31955

核心贡献#

理论表明 J-lens 倾向检测能跨层放大且跨位置稳定的连贯特征,并在玩具系统验证,不据此断言全局工作区。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:Lyapunov 模态分析与时间尺度变体
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:Bayes filter、玩具 Transformer 及 HMM 任务
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

可解释性工具的偏好需要理论与受控验证


bioRxiv#

1. Compact CRISPR-based genetic circuitry using a miniature genome-integrated Cas12m protein ↗#

作者:Joshi, S. H.-N., Jenkins, C., Ulaeto, D., Gorochowski, T. E.
发表日期:2026-10-28
分类:synthetic biology
Paper ID:biorxiv:10.64898/2026.10.26.761838

核心贡献#

微型效应器在所测细胞系统中以较低负担实现可逆调控,支持分层遗传电路的概念验证。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:CRISPR 转录调控与电路性能比较
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:Escherichia coli 实验系统
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

微型效应器为低负担细胞计算提供基础


2. Event timing precision in stochastic gene expression withbursty production ↗#

作者:Rezaee, S., Bokes, P., Singh, A.
发表日期:2026-10-28
分类:systems biology
Paper ID:biorxiv:10.64898/2026.10.25.761601

核心贡献#

首次通过时间模型表明降解和突发产生可改变最优反馈形状,包括非单调性及多分支。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:后向方程、拉格朗日优化与渐近分析
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:随机表达理论及数值模型
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

细胞事件定时的最优反馈随噪声机制改变


3. Technology solutions for immune loci: integrated high-resolution KIR genotyping reveals allelic, structural, and KIR-HLA diversity across 24 human populations ↗#

作者:Pyo, C.-W., Wang, R., Thomas, A., Song, Y., Friedman, C., Ohm, Y. 等
发表日期:2026-10-27
分类:genetics
Paper ID:biorxiv:10.64898/2026.10.22.761185

核心贡献#

整合分型在群体数据中解析免疫受体拷贝与等位差异,人工复核改善一致性,但部分单倍型仍有歧义。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:拷贝感知分析与高分辨分型验证
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:24 个人群的 2298 人及长读长参考
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

等位分辨分型揭示基因有无之外的免疫多样性


4. Localized Chromatin Rewiring Shapes Rhythmic Transcription within a Stable 3D Genome in Rice ↗#

作者:zhang, y., Chen, G., Guo, L., Cao, M., Zhou, J., Li, X. 等
发表日期:2026-10-27
分类:genomics
Paper ID:biorxiv:10.64898/2026.10.23.761304

核心贡献#

水稻全天组学显示整体三维基因组较稳定,而细尺度接触随时间变化,为节律转录提供局部空间背景。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:染色质接触、修饰与表达整合
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:24 小时内六个时间点的水稻数据
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

稳定三维框架内容纳局部节律性染色质重连


5. Genetic control and tissue specificity of transcriptomic rhythmicity ↗#

作者:Chauquet, S., Hivert, V., Weger, B., Gachon, F., Yengo, L., Shah, S. 等
发表日期:2026-10-26
分类:genomics
Paper ID:biorxiv:10.64898/2026.10.22.761195

核心贡献#

考虑推断昼夜相位的遗传交互分析发现振幅和相位相关位点,部分效应具有组织特异性且静态分析易遗漏。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:cosinor 基因型节律交互与表型关联
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:GTEx v10、Pan-UK Biobank
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

纳入时间因素可发现静态表达分析遗漏的调控


6. Mathematical AI Predicts 40% and 57% Influenza Vaccine Effectiveness Against H1N1 and H3N2, Respectively, for the 2026—2027 U.S. Season ↗#

作者:Wang, X. X., Wei, G.
发表日期:2026-10-26
分类:bioinformatics
Paper ID:biorxiv:10.64898/2026.10.22.760980

核心贡献#

历史序列距离与临床估计的回归模型给出新季节分型疫苗效果预测,结果是模型预报而非已观测临床效果。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:拓扑和几何距离、时间外推线性回归
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:13 季的 26 项历史观察及 87 条新季序列
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

季前疫苗效果预测需要与实测效果区分


7. Mathematical genomics of SRY proteins and their associated HMG-Box domains across mammals ↗#

作者:Hassan, D. S. S., Mukherjee, N., Sil, M., GOSWAMI, A., Dayhoff, G. W., Anisimov, A. P. 等
发表日期:2026-10-25
分类:bioinformatics
Paper ID:biorxiv:10.64898/2026.10.18.759944

核心贡献#

组成特征分析区分 SRY 全长和功能域的保守与变异模式,低复杂度可误导结构预测,功能后果仍待实验检验。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:免比对组成、熵及邻近性聚类
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:75 种哺乳动物的蛋白与功能域序列
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

组成统计为快速演化蛋白提供互补比较视角


8. Maternal E-cigarette Exposure Augments Murine Abdominal Aortic Aneurysm ↗#

作者:Spin, J. M., Mulorz, J. U., Shen, W.-J., Amirahmadi, M., Rhee, Y. H., Deng, A. 等
发表日期:2026-10-24
分类:genomics
Paper ID:biorxiv:10.64898/2026.10.19.760180

核心贡献#

母体电子烟暴露在两种小鼠模型中伴随子代动脉瘤增长和表观组变化,尚不能外推为人体因果结论。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:纵向超声、甲基组及可及性比较
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:母鼠与成年子代的两个动脉瘤模型
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

母体暴露模型连接子代表型与表观组改变


9. Metabolic engineering of Yarrowia lipolytica for higher fatty alcohol production ↗#

作者:Joseph, E., Eminli, F., Tohidifar, P., Jagtap, S. S., Rao, C. V.
发表日期:2026-10-23
分类:synthetic biology
Paper ID:biorxiv:10.64898/2026.10.21.760811

核心贡献#

代谢工程联合培养过程优化提高酵母脂肪醇积累,反应器放大达到研究报告的较高产量。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:代谢瓶颈分析与过程优化
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:Yarrowia lipolytica 发酵数据
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

代谢与工艺协同优化提高工业产物积累


10. Pose: a pure-NumPy, chirality-aware, structural engine for building and manipulating the molecular structures of proteins, nucleic acids, and small organic molecules ↗#

作者:Sabban, S. S.
发表日期:2026-10-22
分类:bioinformatics
Paper ID:biorxiv:10.64898/2026.10.19.760100

核心贡献#

Pose 用统一手性约定和数组实现多个能量函数,在若干基准中接近参考软件,同时展示可读轻依赖实现。

技术栈#

  • 语言/框架:Python
  • 模型/算法:结构构建、力场重实现与对接评估
  • 关键库与工具:Pose、NumPy
  • 数据集:小蛋白、复合物及镜像结构基准
  • 开源情况:代码:仓库 ↗;Apache 2.0 许可证

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

统一手性约定简化轻依赖分子结构计算


PubMed#

1. Genomic and biological characterization of ΦAB114, a temperate siphovirus infecting colistin- and carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii. ↗#

作者:Gülşen Uluçam Atay, Şengül Alpay Karaoğlu, Arif Bozdeveci, Şeyma Suyabatmaz, Gülçin Bayramoğlu
发表日期:2026-10-24
分类:Acinetobacter baumannii, Carbapenems, Phylogeny, Siphoviridae, Genome, Viral
Paper ID:pubmed:42933130

核心贡献#

形态与基因组分析描述温和性噬菌体的宿主范围和遗传特征,未检出相关风险基因并不替代后续生物学评估。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:功能注释、比较基因组与系统发育
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:临床菌株及噬菌体基因组数据
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

噬菌体基因组表征提供应用前的研究基础


2. Associations between infection and organ age gaps: results from the UK Biobank. ↗#

作者:Yuanchun Shi, Manli Wang, Shuyue Zhao, Jiayu Li, Ding Ye, Xiaohui Sun 等
发表日期:2026-10-23
分类:Humans, Female, United Kingdom, Aged, Male
Paper ID:pubmed:42925715

核心贡献#

感染负担与多个器官的蛋白组年龄差相关,住院感染和较近期诊断关联更强,但观察性数据不证明加速衰老因果。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:线性回归与限制性立方样条
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:UK Biobank 42395 位参与者
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

感染史与器官年龄差的关联受时间和严重度影响


3. Flavor characteristics of beef from different breeds: multi-dimensional integrated analysis via UHPLC-MS/MS, GC×GC-TOFMS, and chemometrics. ↗#

作者:Qian Li, Chao He, Yuzhu Sha, Shangwu Ma, Lingyun Zhang, Shengguo Zhao
发表日期:2026-10-23
分类:Animals, Cattle, Volatile Organic Compounds, Red Meat, Gas Chromatography-Mass Spectrometry
Paper ID:pubmed:42977446

核心贡献#

多平台组学区分牛肉品种的风味前体、脂质和挥发物,品种特异关联提供质量研究线索。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:脂质组、挥发组与化学计量分析
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:三个牛品种的肉样本
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

多维组学连接品种差异与牛肉风味组成


作者:Wei Zhang, Xueqian Zhang, Chenghao Zhang, Xinyang Shi, Yiheng Deng, Yan Gao 等
发表日期:2026-10-28
分类:Humans, Prostatic Neoplasms, Diabetes Mellitus, Type 2, Machine Learning, Aging
Paper ID:pubmed:42952172

核心贡献#

机器学习从癌症与糖尿病表达数据筛出衰老相关基因,跨队列表现支持候选分层价值,治疗用途仍待验证。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:共表达网络、多模型筛选及空间分析
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:GEO 多队列与单细胞、空间数据
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

候选衰老基因连接癌症与代谢共病研究


5. Systems-level phosphoproteomics reveals calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2-driven kinase signaling underlying malignant phenotypes in gastric cancer. ↗#

作者:Mohd Altaf Najar, T S Keshava Prasad, Prashant Kumar Modi
发表日期:2026-10-27
Paper ID:pubmed:42948434

核心贡献#

胃癌细胞的表型和磷酸化蛋白组显示,抑制 CAMKK2 伴随增殖下降及多条激酶网络重塑。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:定量磷酸化蛋白组与底物富集
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:AGS 细胞及逾 10500 条磷酸肽
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

系统磷酸化分析解释细胞增殖信号变化


6. xNNPCD identifies regulators of programmed cell death by integrating perturbation transcriptomes with cancer dependency profiles. ↗#

作者:Qingyang Yin, Liang Chen
发表日期:2026-10-26
分类:Humans, Neoplasms, Apoptosis, Transcriptome, Endoplasmic Reticulum Chaperone BiP
Paper ID:pubmed:42936269

核心贡献#

xNNPCD 将扰动表达与依赖性联系,按细胞死亡通路约束网络,提出调控候选和待验证药物筛选线索。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:可解释神经网络与通路掩码迭代
  • 关键库与工具:xNNPCD
  • 数据集:CMap、DepMap、GO、KEGG、Reactome
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

通路约束网络帮助发现细胞死亡调控候选


7. Deubiquitinase USP5 suppresses ferroptosis in lung adenocarcinoma by deubiquitinating and stabilizing GPX3. ↗#

作者:Xin Fan, Yubiao Lin, Zhigao Zhen, Yingqin Gao, Wenhui Zhen, Siyuan Zeng 等
发表日期:2026-10-24
Paper ID:pubmed:42927416

核心贡献#

组学筛选、互作及挽救实验支持 USP5 稳定 GPX3 并抑制模型中的铁死亡,患者来源类器官提供补充支持。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:转录整合、蛋白互作与功能验证
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:肺腺癌细胞与患者来源类器官
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

蛋白稳定性调控关联肺癌铁死亡抵抗


8. Ectopic endometrial stromal cells-derived exosomes accelerate endometriosis progression by delivering PDLIM3 to induce macrophage M2 polarization. ↗#

作者:Chi Chi, Jie Chen, Shuzhen Xiang, Bing Han, Weizeyu Liu, Yi Zhang 等
发表日期:2026-10-23
Paper ID:pubmed:42921169

核心贡献#

细胞与动物实验支持异常组织来源外泌体调节巨噬细胞状态,并参与内异症的增殖迁移表型。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:表达分析、互作与表型实验
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:GEO、细胞及动物模型
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

细胞间囊泡信号参与内异症免疫微环境


9. Deep protease profiling deconvolutes protease signatures released from activated neutrophils. ↗#

作者:Enoch Yu, Matthew L Holding, Rex Huang, Andrew Chan, Cherie Teney, Karl C Desch 等
发表日期:2026-10-23
Paper ID:pubmed:42964478

核心贡献#

底物库筛选结合解卷积识别活化中性粒细胞释放的蛋白酶签名,为复杂样本功能测量提供框架。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:底物模体与差异富集解卷积
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:蛋白酶及活化中性粒细胞上清数据
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

解卷积帮助拆分复杂样本中的蛋白酶活性


作者:Jianan Ma, Tianshuai Ma, Yongrui Zhang, Haijian Wei
发表日期:2026-10-23
Paper ID:pubmed:42964448

核心贡献#

多队列筛选得到六个线粒体自噬相关候选,单细胞和小鼠全肾验证提供支持,但诊断及机制仍需深入验证。

技术栈#

  • 语言/框架:未提及
  • 模型/算法:共表达网络、机器学习与免疫分析
  • 关键库与工具:未提及
  • 数据集:GEO、单细胞及小鼠肾组织
  • 开源情况:未提及

上手难度#

  • 前置知识:建议具备生物学、统计学与计算分析基础
  • 算力需求:未提及
  • 复现成本:未提及
  • 适合谁读:相关方向硕博生和研究员

一句话总结#

多层组学提出肾病线粒体相关诊断候选